Аптека в Калужском филиале начала функционировать с момента открытия филиала. Каждый из филиалов МНТК " Микрохирургия глаза" имеет в своем составе аптечную службу, что является несомненным преимуществом, поскольку собственная аптека живет интересами клиники, быстро реагирует на обстановку, ведет поиск специфических препаратов.
Практически 90% всех лекарственных форм, производимых в аптеке филиала - стерильные, в основном это глазные капли. Такое соотношение определяется спецификой работы МНТК "Микрохирургия глаза".
Учет медикаментов в аптеке полностью автоматизирован. При помощи Internet регулярно поступает информация о новых препаратах, о лекарственных средствах, снятых с производства. В on-line режиме доступны каталоги ведущих фармацевтических фирм.Внедрение современных компьютерных технологий позволяет предотвратить поступление некачественных и фальсифицированных лекарственных средств в аптеку филиала.